Signature update.. !!

Ey..!! guys..!! this is my new email signature..

This is the start of a new stage... my blog has not updated since 2009  =(

Modelamiento por homología (Homology Modeling)

Sobre el blog

En esta ocasión hago publico… el fin para el cual se fue creando este blog, para ser sincero primero nació la idea a modo de iniciativa o esperanza de hacer conocido este campo al cual me dedico, pero después me di cuenta que a la vez era en cierta forma una buena fuente dar a conocer mi perfil profesional, pero ahora que lo tengo mas claro creo que dedicare mis esfuerzos tratar de ganar fanáticos hacia la Bioinformática, la Química medicinal, la química computacional y demás disciplinas a las cuales me dedico, espero por favor me disculpen si a veces aprovecho para colgar cosas relacionadas a mi. Es por estas razones que a partir de estos momentos habilito la opción de comentarios, espero por favor me puedan dar sus opiniones sobre que puntos les gustaría se toquen.

Las líneas a tratar serán: Diseño racional de drogas y todas las herramientas que implica. Bioinformática estructural. Química medicinal. Química computacional. Chemoinformatics.

Los videos que muestro a continuación no hacen mas que recordarnos quienes somos; es decir como se origino todo, y como se intenta llevar a cabo la misma tarea, claro esta sin perder la esencia principal… ser intuitivos. El primer video es sobre la síntesis organica netamente experimental y el segundo video sobre el diseño racional in silico desarrollado actualmente.

English

In this occasion I cause I publish… the end for which went creating this blog, to be sincere first was born the idea by way of initiative or hope of doing acquaintance this field to which I dedicate me, but later I realized that at the same time was in certain form a good source to bring to light my professional profile, but now that I have him but clearly I believe that I dedicated my efforts Trying to win fanatics toward the Bioinformatics, medicinal Chemistry, computational chemistry and other disciplines to which I dedicate me, I expect please they excuse me if at times I take advantage of to hang things related to my. It is for these reasons that from these moments I supply the option of comments, I expect please their opinions can give i on that points them would like they be touched. The lines to treat will be: Rational design of drugs and all the tools that implies. Bioinformática structural. Medicinal chemistry. Computational chemistry. Chemoinformatics. The videos that show subsequently do not do but that to recall us who we are; that is to say as I am originated all, and like tries to carry out the same task, clear this without losing the main essence… to be intuitive. The first video is on the synthesis organic clearly experimental and the second video on the rational design in silico developed at present..

Síntesis de compuestos


Creación de un Fármacoforo

Cursos y conferencias realizadas

Como tenia que ser..!!! Un reencuentro con mi alma Mater..!! La UNMSM. Si señores, hasta que por fin acabo…!! Jejeje naaa es broma, este fue el segundo curso en el que participe, junto a mi profesor Mirko y mis amigos Andrés y Antonio. Una vez mas una experiencia enriquecedora, y sobre todo un poco de estrés como deporte al tener que planear la practica y demás, un descanso por fin… al menos de mas de un mes, es lo que espera. Gracias a Sociedad Científica de Genética y Biotecnología por la invitación a su curso, en especial a Álvaro por ser el nexo.

English

As had to be. .!!! A reunion with my soul Mater. .!! The UNMSM. Yes sir, until I finally!! Jejeje naaa is joke, this was the second course in which participate, next to my professor Mirko and my friends Andrés and Antonio. Once again a rewarding experience, and above all a little stress as sport upon having that to plan practices it and others, a rest at last… at least of but of a month, is what expects. Thanks to Scientific Society of Genetics and Biotechnology for the invitation to the course, especially as the link Álvaro.

Este es el anuncio de mi primer curso dictado, una experiencia realmente reconfortante pues marca un objetivo cumplido; es decir dictar mi primer curso con 24 primaveras. Debo agradecer a los chicos de la BioUnalm por brindarme esta oportunidad y a mi compañero y amigo Andrés con el que compartí clases.

English.

This it is the announcement of my first dictated course, a really rewarding experience therefore marks a polite objective; that is to say to dictate my first course with 24 springs. I should thank the boys of the BioUnalm by offering me this opportunity and to my companion and friend Andrés with the one that I shared classes.

Computer Assisted Drug Design

El diseño asistido por computador remoto (o computadora u ordenador), abreviado como DAO (Diseño Asistido por Ordenador) pero más conocido por sus siglas inglesas CAD (Computer Aided Design), es el uso de un amplio rango de herramientas computacionales que asisten a ingenieros, arquitectos y a otros profesionales del diseño en sus respectivas actividades. También se llega a encontrar denotado con una adicional "Dc=0" en las siglas CADD, diseño y bosquejo asistido por computadora (Computer Aided Drafting and Design).

Quízas Ustedes han oído durante los últimos años palabras y conceptos nuevos en la rama química-farmacéutica, que no son muy familiares, por su origen casi únicamente en inglés, como p.ej. Combinatorial Chemistry, Building Block Libraries, Computational Chemistry, Computer-assisted drug design (CADD), QSAR, High Throughput Screening (HTS), etc., que significan: Química Combinatoria, Bibliotecas de Unidades de Ensamblaje, Química Computacional, Diseño de Fármacos asistido por Computadora, Relación Cuantitativa entre Estructura y Actividad, Rastreo de Proceso de Alto Rendimiento.

Detrás de estas palabras se esconde una verdadera revolución en la estrategia de la síntesis y evaluación para obtener nuevos fármacos. El motor detrás de estos cambios radicales es la presión económica: hasta la mitad de esta década, el costo por fármaco activo encontrado, aumentó exponencialmente llegando a sólo 4 activos por cada 1000 empleados y año, con un tiempo de hasta 15 años entre descubrimiento y posición en el mercado. Las nuevas técnicas prometen según estimaciones, 14 nuevos activos por 1000 empleados/año, acortándose el tiempo hasta el lanzamiento a 8-10 años, con el decrecimiento (se espera un factor 10) correspondiente en el costo del desarrollo de un nuevo fármaco, que hoy en día es, con más de 360 millones Dólares por cada nuevo activo comercializado, lo que es demasiado alto. La mayoría de los avances descritos 'nacieron' en el ámbito de la Biotecnología e Ingeniería Genética. La presente exposición no enfoca esta parte, sino más bien sus avances para el desarrollo de fármacos nuevos "clásicos".

En este video podemos apreciar el uso de las diferentes herramientas que provee el modelamiento molecular: docking (interaccion ligando-receptor), dinamica molecular (predecir la estabilidad del complejo), optimizacion geometrica (estructura mas estable).

Bioinformatica

De igual forma diremos que la bioinformática, según una de sus definiciones más sencillas, es la aplicación de tecnología de computadores a la gestión y análisis de datos biológicos. Los términos bioinformática, biología computacional y, en ocasiones, biocomputación, utilizados en muchas situaciones como sinónimos, hacen referencia a campos de estudios interdisciplinarios muy vinculados, que requieren el uso o el desarrollo de diferentes técnicas que incluyen informática, matemática aplicada, estadística, ciencias de la computación, inteligencia artificial, química y bioquímica para solucionar problemas, analizar datos, o simular sistemas o mecanismos, todos ellos de índole biológica, y usualmente (pero no de forma exclusiva) en el nivel molecular. El núcleo principal de estas técnicas se encuentra en la utilización de recursos computacionales para solucionar o investigar problemas sobre escalas de tal magnitud que sobrepasan el discernimiento humano. La investigación en biología computacional se solapa a menudo con la biología de sistemas.
Los principales esfuerzos de investigación en estos campos incluyen el alineamiento de secuencias, la predicción de genes, montaje del genoma, alineamiento estructural de proteínas, predicción de estructura de proteínas, predicción de la expresión génica, interacciones proteína-proteína, y modelado de la evolución.

Una constante en proyectos de bioinformática y biología computacional es el uso de herramientas matemáticas para extraer información útil de datos producidos por técnicas biológicas de alta productividad, como la secuenciación del genoma. En particular, el montaje o ensamblado de secuencias genómicas de alta calidad desde fragmentos obtenidos tras la secuenciación del ADN a gran escala es un área de alto interés. Otros objetivos incluyen el estudio de la regulación genética para interpretar perfiles de expresión génica utilizando datos de chips de ADN o espectrometría de masas.

Molecular Modelling

A continuación presento una definición muy conocida y muy accesible por cierto (fuente: Wikipedia). El Modelado molecular es un término general que engloba métodos teóricos y técnicas computacionales para modelar o imitar el comportamiento de moléculas. Las técnicas son utilizadas en los campos de la Química computacional, Biología computacional y Ciencia de materiales para el estudio de sistemas moleculares que abarcan desde pequeños sistemas químicos a grandes moléculas biológicas y disposiciones materiales. Los cálculos más simples pueden ser realizados a mano, pero inevitablemente se requieren computadoras para realizar el modelado molecular de cualquier sistema medianamente complicado.

Como ustedes podrán notar se hace mención a diferentes campos o disciplinas, seria bueno que le den una ojeada a los diferentes links.

Lineas de investigacion

Las principales son:

Prediccion in silico de ADMET.
Modelamiento molecular.
Bioinformatica-Estructural.
SAR (Structure Activity Relationship).
QSAR (Quantitative Structure Activity Relationship).
Farmacognosia y Medicina tradicional.

Presentacion de trabajos en congresos

XVII Congreso Científico Peruano de Estudiantes de Farmacia y Bioquímica

“I+D farmaceutico en el Perú: Propuesta de una metodología para el diseño y optimización molecular de farmacos utilizando métodos computacionales y bioinformáticos.”

XVI Congreso Científico Peruano de Estudiantes de Farmacia y Bioquímica

“Efecto antibacteriano “in Vitro” del enjuague bucal a base del aceite esencial de Minthostachys mollis (Muña) frente a Streptococcus mutans.”

“Actividad del extracto hidroalcoholico del pericarpo del fruto de Anacardium occidentale L. (Marañon), en onicomicosis y forma de dosificación”

Clases dictadas

*Profesor Invitado a dictar clases practicas de “Introducción a la Bioinformática” en el curso de Biología Molecular.
De Octubre a Noviembre del 2007

Escuelas Profesionales de Biotecnología, Microbiología y Genética. Facultad de Ciencias Biológicas.
Universidad Nacional Mayor de San Marcos

*Profesor invitado a dictar clases teóricas y practicas de “Uso de herramientas computacionales y Bioinformáticas en el diseño de fármacos” en el la cátedra de Química Farmacéutica.
De Marzo a Abril del 2008

*Profesor invitado a dictar clases teóricas de “Introduccion a estudios SAR y QSAR” en el modulo tecnológico del curso de titulacion.
Agosto del 2008

Escuela Profesional de Farmacia y Bioquímica. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Universidad Nacional Mayor de San Marcos.

GRANTS

Subvención economica, otorgada por la "Fundacion Hipolito unanue",

"Estudio de Docking y Dinámica Molecular entre Azul de Metileno y Glutation Reductasa de Plasmodium falciparum y su Potencial Aplicación al Diseño de Fármacos Antimaláricos"

Bach. Miguel Quiliano, Dr. Mirko Zimic, MSc. MHS. PhD.,

Universidad Peruana Cayetano Heredia, Fac. de Ciencias y Filosofía.

Publicaciones

Con gran gratitud... un sueño cumplido, mi primera publicación en el Journal que mas admiro y el cual resume todo lo que quiero hacer en la vida.

Synthesis, Cytotoxicity, and Anti-Trypanosoma cruzi Activity of New Chalcones.

José C. Aponte, Manuela Verástegui, Edith Málaga, Mirko Zimic, Miguel Quiliano, Abraham J. Vaisberg, Robert H. Gilman, and Gerald B. Hammond

Journal of Medicinal Chemistry. http://pubs3.acs.org/acs/journals/toc.page?incoden=jmcmar&indecade=0&involume=0&inissue=0

Pronto se viene otro... muy pronto... ya sale del horno.